Es el lugar donde se reguardan todos los especímenes entomológicos, en una serie de estantes enumerados, bajo condiciones reguladas de temperatura y humedad, con el fin de preservar en cada ejemplar las características morfológicas externas el mayor tiempo posible.

Es este espacio se lleva a cabo específicamente las labores de clasificación, preservación y registro de cada insecto, cual se tratara de un libro en una biblioteca, dentro de una base de datos, la cual a su vez, permite al MIIA servir como colección de referencia a centros de investigación, universidades e instituciones gubernamentales, privadas e internacionales que se acercan al MIIA para la identificación de insectos de importancia económica y cuarentenaria.

Actualmente se está trabajando en la creación de un acceso público en línea y a través de otras herramientas informáticas (Catálogo MIIA) a la base de datos de la colección del MIIA con el fin de socializar los conocimientos aquí generados.